In der Mitte des 10.Jh. wird „Hustetin“ in der Abgabenliste des Klosters St. Afra genannt. Dies ist das erste authentische schriftliche Zeugnis des Ortes (Abgaben waren Getreide, Salz, Eier, Schweine, Schafe).
Am 6.8.1177 bestätigte Papst Alexander II. dem Kloster den Grundbesitz und die Vogtei (= niedere Gerichtsbarkeit); dasselbe tat am 7.8.1182 Kaiser Friedrich I.
Ob damals der Ort bereits eine eigene Pfarrei und Pfarrkirche hatte ist ungewiss.
20.05.1379
Erster Hinweis auf eine Pfarrkirche in einer Urkunde anlässlich eines Grundstückverkaufs des Klosters St. Ulrich und Afra an das Ehepaar Ilnor mit „Bartholome, Pfarrer zu Housteten“ als Zeugen
27.10.1501 Früheste urkundliche Erwähnung der Kirche unter Bischof Friedrich II.von Zollern (1486-1505), Erneuerung der Inkorporation Haunstettens in das Kloster St. Ulrich und Afra. Das Kloster hatte das Recht einen Geistlichen eigener Wahl dem Bischof als Pfarrer vorzuschlagen; überdies auch den Anspruch auf den lukrativen Zehnt
Um 1600
Errichtung der Muttergotteskapelle durch die Haunstetter Bruderschaft vom Hl.Fronleichnam
1636
Erster Nachweisbarer Eintrag in ein Taufbuch
1643
Das Kloster St. Afra kauft dem Augsburger Bischof Heinrich V. von Knöringen (1599-1646) die noch beim Bistum verbliebene Staatshoheit für 12000 Gulden ab und besitzt nun die volle Landeshoheit über Haunstetten
1653-54
Renovierung der Kirche nach den Zerstörungen des Dreißigjährigen Krieges mit neuem barocken Hochaltar und zwei Seitenaltären; Neufassung der Raumschale, Ausbesserung von Kanzel und Kirchengestühl. Verlust aller Dokumente
1699
Neues Gestühl und Kanzel
1725-1730
Umgestaltung durch Reichsabt Willibald Popp im Stil des Barock; Erhöhung des Chores; Ersetzen des alten Turmsatteldaches durch eine Zwiebelhaube mit Erhöhung des Turmes
1740-1741
Neubau der Muttergotteskapelle (Wallfahrtskapelle) im Stil des frühen Rokoko
1761/1763
Anschaffung von drei neuen Altären
1803
Im Zuge der Säkularisierung wird Haunstetten 1803 bayerische Landgemeinde.
1817/1824
Neue Glocken
1875
Auflösung des Friedhofs um die Pfarrkirche
1886-1888
Verlängerung der Pfarrkirche nach Westen um zwei weitere Fensterachsen mit neuem Westjoch, Entfernung der barocken Ausstattung, Umgestaltung im Stil der Neuromanik und des Neubarock.
1910
Neue Glocken und neuer Turmuhr
1925
Erwerb von drei neuen Glocken
1927
Neue Orgel mit Spieltisch
1929
Ausbesserung de Kirchendaches und neuer Zementaußenverputz
1933/35
Umgestaltung des Innern. Entfernung der Säulen-Kuppel-Konstruktion des Baldachinaltares. Neuer Außenputz.
1937
Einrichtung der Expositur St.Albert von St.Georg; seit 1954 Stadtpfarrei
1942
Angeordnetes Einschmelzen der Glocken; Zerstörung der Glasfenster im Chor
1948
Neue Gussstahl-Glocken
1954
Großflächige Neueindeckung des Kirchendaches
1964-1966
Außen- und Innenrestaurierung; u. a. Übertünchen der Deckengemälde und Entfernen der Einrichtung von 1886/88 . Neugestaltung des Innenraums u.a. auch Abriss der Kanzel an der Nordseite
1961
Errichtung der Expositur St.Pius von St.Georg. 1966 Erhebung zur Stadtpfarrei
1968
Neue Bronze-Glocken
1985
Innenrenovierung der Muttergotteskapelle
1989-1991
Errichtung des heutigen Pfarrzentrums.
1995-1997
Neugestaltung des Kirchenraums, Gegenstände der Innenrenovierung von 1964/68 entfernt. Freilegung der übertünchten Bilder. Neugestaltung des Altarraums durch Prof. Georg Bernhard
11.01.1998
Weihe des neuen Hochaltars durch Bischof Viktor Josef Dammertz.
2000/2001
Außenrenovierung der Kirche: Renovierung der Kuppel, neues Ziffernblatt für die Turmuhr. Neueindeckung des Dachs
2009-2012
Renovierung und energetische Instandsetzungsmaßnahmen im Pfarrzentrum
2014
Zerstörung von Dachstuhl und großen Teilen des Pfarrzentrum durch einen Brand
2015-2017
Renovierung und erneute energetische Sanierung des Pfarrzentrums
2019 – 2020
Erneuerung des Glockenstuhls
2023 . ??
Innenrenovierung und Sanierung der Kirchendecke geplant